Названный в честь антигероя из серии знаменитых французских кинолент, проект «Fantomas» был сформирован вокалистом Mike Patton, который ранее трудился в легендарной команде «Faith No More», до ее расформирования. В начале 1998 года, после записи первых демо, Mike Patton завербовал для проекта гитариста Buzz Osbourne (Melvins), барабанщика Dave Lombardo (Slayer) и басиста Trevor Dunn (Mr.Bungle).

В середине года, состоялось дебютное выступление «Fantomas» в Сан Франциско. Первой официальной записью коллектива стала кавер версия хита «Chariot Choogle» знаменитых T.Rex, которая вошла в компиляцию «Great Jewish Music: Marc Bolan», выпущенную через лэйбл «Tzadik», владельцем которого является John Zorn. Оставшуюся часть года команда «Fantomas» потратила на концертные выступления.

Весной 1999 года группа выпустила одноименную дебютную пластинку, ставшую первым релизом на новоиспеченном лэйбле Mike Patton под названием «Ipecac». Вскоре, «Fantomas» потратили еще больше времени на концерты, по завершении которых команда на время приостановила всяческую деятельность, т.к. ее участники продолжили работу в своих первостепенных коллективах.

Проект «Fantomas» возродился в начале 2001 года, записав и выпустив второй альбом «The Director’s Cut» представляющий собой набор кавер версий саундтреков знаменитых кинолент, включая «The Godfather», «Cape Fear», «Rosmary’s Baby» и многих других. Остаток года «Fantomas» провели в гастрольном туре, в поддержку альбома.

В то время, «Fantomas» и «Melvins» выступали вместе как одна супергруппа «The Fantomas Melvins Big Band», результатом данных действ стал выпуск совместного альбома «Millenium Monsterwork», в апреле 2002 года. И наконец, в начале 2004 года «Fantomas» выпустил свое очередное творение «Delirium Cordima». Последний, на данный момент, альбом «Suspended Animation» был выпущен в апреле 2005 года.