Идея создания группы «The Apex Theory» принадлежит музыкантам с армянскими корнями – Andi Khachaturian, Art Karamian и David Hakopian. Выросшие в окрестностях Лос Анджелеса, музыканты имели различные музыкальные пристрастия от этнической до классической музыки, что в последствии и отразилось на музыкальных произведениях группы.

В 1999 году состав «The Apex Theory» был доукомплектован недостающим звеном – барабанщиком. Роли участников комманды были распределены следующим образом: Andi Khachaturian (вокал), Art Karamian (гитара), David Hakopian (бас) и барабанщик Sammy J.Watson (единственный участник группы не имеющий армянских корней). «The Apex Theory» начинали зарабатывать авторитет выступлениями на территории Западного Голливуда. Вскоре, группой заинтересовались крупные лэйблы, но комманда не спешила прописываться ни на одном из них, т.к. цель зарабатывать деньги своей музыкой они не ставили, а главным для них были концертные выступления.

В 2000 году «The Apex Theory» выпустили, своими силами, первый мини-альбом «Extendemo», а вначале 2001 года комманда, все же, прописалась на на одном из мажор – лэйблов, которым стал «Dreanworks». Вскоре, пригласив продюссера Don Gilmore (Linkin Park, Pearl Jam, Sugar Ray) музыканты приступили к записи очередного ЕР «The Apex Theory», который был выпущен в конце 2001 года.

Позднее, «The Apex Theory» приняли участие в фестивале «Warped Tour», после которого группа стала хэдлайнером тура «MTV2», совместно с «Andrew W.K.», «Pressure 4-5» и «Lostprophets». В апреле 2002 года, комманда выпустила свой первый лонгплэй «Topsy-Turvy», а позднее музыканты стали одними из хэдлайнеров знаменитого фестиваля «Ozzfest 2002».