История шведского progressive melodic death metal коллектива «Cipher System» берет свое начало в 1995 году, когда гитарист Johan, барабанщик Pontus, басист Henric и гитарист Andreas формируют команду под названием «Eternal Grief».

Спустя два года, состав обзаводится вокалистом по имени Dani, в компании с которым группа отправляется в студию «Fullmoon», несколько месяцев спустя. Результатом этого похода становится первое демо «Path Of Delight». Для заглавного трека музыканты отсняли видеоклип при помощи режиссера Alex Hansson (Soilwork, In Flames). Тем не менее, команда так и не была подписана не одним метал-лэйблом.

В июне 1999 года музыканты вновь отправляются в студию, на этот раз в легендарную «Studio Fredman», где записывают очередное демо «Raped By Chaos», сведением материала которого занимался не без известный Anders Friden (In Flames). После записи диска состав коллектива решили покинуть два его основных участника: гитарист Andreas и вокалист Deni.

В течении 2000 года деятельность команды была заморожена и ее будущее оставалось под большим вопросом, однако, весной следующего года музыканты принимают в свои ряды гитариста Peter, который в свою очередь помогает вернуть в ряды коллектива вокалиста Deni. В обновленном составе команда приступает к работе над новым материалом уже как «Cipher System».

В течении 2002 года группа «Cipher System» записывает «Eyecon», который хотя и привлек к себе внимание некоторых лэйблов, контракт коллективу так никто из них и не предложил. В том же году команда так же обзаводится вторым гитаристом по имени Magnus.

В марте 2003 года «Cipher System» отправляются в студию «Fullmoon» (Bestial Mockery, Grief of Emerald, Obligatorisk Tortyr) где записывают несколько новых песен в последствии ставших частью очередного демо диска «Promo 2003».

В июне 2004 года группа «Cipher System» переходит под покровительство германского лэйбла «Lifeforce Records», усилиями которого вначале был издан сплит коллективов «Cipher System» и «By Night». Вслед за этим команда «Cipher System» представила свой дебютный лонгплэй «Central Tunnel 8», который был тепло встречен музыкальными критиками.

В начале 2008 года «Cipher System» вновь отправились в студию «Studio Fredman» с целью работы над очередным лонгплэйем. В марте коллектив принимает в свои ряды нового вокалиста Andreas Solveström (Within Y, ex-Evildoer), который пришел на смену выбывшему Deni, а в мае обзаводится гитаристом Andreas Allenmark (Anata). На этом проблемы с составом группы не закончились. В середине ноября «Cipher System» объявили о старте поиска нового барабанщика, а в июне 2009 года команда рассталась с вокалистом Andreas Solveström.